Jill fonde avec Chris la BSAA avec les autres survivants de Racoon City. Elle lutte notamment avec Chris, son partenaire, contre le bio-terrorisme. On peut voir que Jill a définitivement enlevé son béret pour le remplacer par une casquette bleu , ainsi qu'un blouson bleu et d'un pantalon gris.
Jill n'a tout de même pas pu lutter avec la BSAA comme elle l'aurait souhaitée. Après des recherches approfondies, les 2 agents avaient retrouvé la trace de Spencer, le fondateur d'Umbrella. Ils se rendirent sur les lieux pour le mettre hors d'état de nuire. Mais quelqu'un les avait devancé, une personne qui en voulait tout autant à Umbrella. Wesker était arrivé beuacoup plus tôt et n'avait pas perdue de temps pour tuer le vieil homme.
Chris et Jill tentèrent de l'intercepter, mais bien qu'en supériorité numérique, les 2 agents ne purent rien faire face à Wesker devenue quasi-invincible. Jill, assomée dans un coin, Wesker s'apprêtait à en finir avec Chris en le lâchant du haut de la falaise. Jill, ayant, retrouvée ses esprits, n'hésita pas une seconde et fonça sur Wesker et l'emportant dans sa chute du haut de la falaise, sauvant Chris par la même occasion.
La BSAA a menée des recherches très approfondies pour retrouver les 2 corps mais aucun ne furent retrouvés. Après de longs mois de recherches sans succès, la BSAA annonça officiellement la mort de Jill Valentine.
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